曲塊成型后，送入曲房，微生物菌體是由多種渠道自然接種的。在密閉的曲房內(nèi)，微生物開始繁殖，并散發(fā)熱量，溫度的升高又加速水分的蒸發(fā)，使整個曲房內(nèi)溫度和濕度都上升。從培菌過程的操作來說，大曲與黃酒麥曲并無顯著差異，翻曲、通風、堆曲等仍是必要的操作步聚。但關(guān)鍵的區(qū)別是培菌溫度。大曲向高溫曲方向變化。

大曲的培養(yǎng)溫度可達50-60℃。各地的做法也有所不同。如民國時期唐山地區(qū)的培養(yǎng)溫度為52℃，茅臺酒的酒曲培菌溫度可達60℃。翻曲的工人往往裸體進入曲房進行操作，也不免汗流浹背。

山東中高溫大曲向高溫曲的方向發(fā)展，客觀原因之一， 可能是曲室內(nèi)堆積的曲塊數(shù)量增加，導致曲房內(nèi)溫度上升速度快，幅度大(前面已說過，這是由于品字形堆曲法的采用所造成的)，明清時期，制曲成為一門手工業(yè)，曲坊專門從事酒曲生產(chǎn)，為盡量利用空間，曲房內(nèi)的塊曲數(shù)量有可能盡量增加。另外一個重要原因則是人們意識到高溫曲所釀造的酒香氣較好。其機理雖未完全闡明，但有一條是較為肯定的，即酒曲上生長的高溫菌與低溫菌的的比例隨培養(yǎng)溫度而變，高溫菌代謝產(chǎn)物對酒的香氣成分具有一定的作用。

不同類型的大曲，培養(yǎng)時期的高溫度有所不同。

大致有三種類型:中溫曲，高溫曲和超高溫曲。